《伤寒论》的学术渊源主要来自《内经》。

伤寒一词，首见于《内经》。《素问·热论》云：“今夫热病者，皆伤寒之类也”。这是讲广义的伤寒。《难经》五十八难云：“伤寒有五，有中风、有伤寒、有湿温、有温病、有热病”。这是指狭义的伤寒。《伤寒论》既以伤寒命名，而且又分别论述了伤寒、中风、温病等多种外感病证。因此可以说该书所论的伤寒虽属于广义的伤寒，但从其所涉及的主要内容来看，其重点仍在于论述狭义的伤寒病，这是必须明确的。

《伤寒论》确立了辨证论治的原则。辨证施治之义始见于《素问·玉真要大论》：“逆者正治，从者反治，以少从多，观其事也。”又曰：“调节之方，必别阴阳，定其中外，各守其方，内者内治，外者外治……”。至仲景发扬光大，使之更加具体化。《伤寒论》太阳篇云：“太阳病三日，已发汗，若吐、若下、若温针仍不解者，此为坏病，桂枝不中与之也。观其脉证，知犯何逆，随证治之。”少阳篇云：“本太阳病不解，转入少阳者，胁下硬满，干呕不能，往来寒热，尚未吐下，脉沉紧者，与小柴胡汤。若已吐下、发汗、温针，谵语，柴胡汤证罢，此为坏病，知犯何逆，以法治之。”这二条是后人辨证施治之所本。此外，本论每篇名曰：“辨××病脉证并治”，也明确地提出了辨证论治的纲领。

具体地说，《伤寒论》是以“六经”作为它的辨证纲领。六经就是太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴。《伤寒论》的六经辨证继承了《内经》的六经分证的方法，但《素问·热论》的六经只是作为分证的纲领，没有提出具体的辨证论治方法，也仅叙述了六经的热证和实证，未论及六经的寒证和虚证。《伤寒论》的六经则有机地将它所联系的脏腑经络的病变与证候加以概括，并着重用分析的方法指导辨证与治疗。（如风寒客表，出现恶寒发热，头项强痛，脉浮等经表不利、荣卫失和的证候，便是太阳病；若邪气入里化热，表现为热而不寒、口渴、汗出，或腹满、疼痛拒按等胃肠燥热证。前者宜发汗解表、调和营卫，方用麻黄、桂枝。后者宜清热除烦、泻火救阴，方选白虎、承气等等）。

六经六气学说也来源于《内经》，张隐庵用六气来解释六经的经气特点，即太阳之气为寒，阳明之气为燥，少阳为火，太阴为湿，少阴为热，厥阴为风。以之来说明六经为病，或寒或热，或燥或湿，从标从本不同的病证，是具有一定的指导意义的。《素问·天元纪大论》云：“太阳之上，寒气主之，中见少阴；少阴之上，热气主之，中见太阳；阳明之上，燥气主之，中见太阴；太阴之上，湿气主之，中见阳明；少阴之上，相火主之，中见厥明；厥阴之上，风气主之；中见少阳。”说明了六经六气复杂的病理变化规律。